¿Qué tipo de certificado debo solicitar a la AEAT?

Para la autenticación con la AEAT se requiere un certificado electrónico admitido por la AEAT, cuyo NIF coincida con el de la sociedad. Citando a la AEAT:
La presentación podrá ser efectuada por el obligado tributario, un apoderado suyo a este trámite ó un colaborador social, que deberá disponer de un certificado electrónico reconocido. Las aplicaciones que envían información a los servicios web deberán autenticarse con el certificado electrónico de cliente. Por tanto, el uso de los serviciosrequiere tener instalado un certificado electrónico reconocido admitido por la Agencia Tributaria, en el ordenador desde el que se produzca el envío de la información. Dicho certificado podrá ser de Persona Física ó de Persona Jurídica. Todos los NIFs se tienen que validar contra la Base de Datos Centralizada de la AEAT. 
Más información: {+}http://www.agenciatributaria.es/static_files/AEAT/Contenidos_Comunes/La_Agencia_Tributaria/Modelos_y_formularios/Suministro_inmediato_informacion/FicherosSuministros/V_06/SII_Descripcion_ServicioWeb_v0.6_es_es.pdf+
Sobre los certificados admitidos: {+}http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio/Ayuda/Certificado_electronico/Como_obtener_un_certificado_electronico/Entidades_emisoras_de_certificados_electronicos_/Entidades_emisoras_de_certificados_electronicos_.shtml+
Sobre el modelo de Representación para utilizar un certificado para más de una sociedad: {+}http://www.agenciatributaria.es/static_files/AEAT/Contenidos_Comunes/La_Agencia_Tributaria/Modelos_y_formularios/Formularios/Modelos_de_Representacion/MODELO_REPRES_SUMINISTRO_FACTURACION.pdf+